Bahagian 1
Pencerita kisah ini ialah seorang pemuda Tokyo yang tidak pernah disebut namanya. Kiyo memanggilnya Panggilan manja untuk anak lelaki keluarga baik-baik, iaitu panggilan mesra untuk anak lelaki keluarga baik-baik. Sejak kecil dia terkenal sebagai budak yang gopoh dan keras kepala. Dia pernah terjun dari tingkat dua bangunan sekolah hanya kerana diejek oleh kawan, lalu tidak mampu bangun selama seminggu. Dia pernah mengelar jarinya sendiri dengan pisau untuk membuktikan bahawa pisau itu tajam, dan selalu bergaduh dengan anak-anak jiran. Bapanya menganggapnya tidak berguna, ibunya bimbang akan masa depannya, dan abangnya yang lebih pandai serta lebih disukai sering bertelagah dengannya.
Satu-satunya orang yang menyayanginya tanpa syarat ialah Kiyo, pembantu rumah tua keluarga itu. Kiyo berasal daripada keluarga yang pernah berada tetapi jatuh miskin, lalu bekerja sebagai orang gaji. Dia memuji Botchan sebagai budak yang jujur dan berhati lurus, dan meramalkan bahawa anak itu akan berjaya serta memiliki rumah sendiri kelak. Kiyo diam-diam memberinya kuih dan barang-barang kecil, malah pernah meminjamkannya tiga Mata wang Jepun. Botchan sendiri berasa hairan dan agak malu dengan kasih sayang itu, tetapi dia tidak pernah melupakannya.
Bahagian 2
Ibunya meninggal dunia ketika Botchan masih kecil, dan enam tahun kemudian bapanya pula meninggal. Abangnya menjual rumah dan harta keluarga kerana hendak berpindah ke Kyushu untuk bekerja. Sebelum berangkat, abangnya memberi Botchan enam ratus yen dan menyuruhnya menggunakan wang itu sama ada untuk memulakan perniagaan atau untuk belajar. Kiyo, yang tidak lagi dapat tinggal di rumah keluarga itu, memilih menumpang di rumah anak saudara lelakinya, seorang kerani mahkamah. Dia masih berharap suatu hari nanti Botchan akan mempunyai rumah sendiri dan mengambilnya tinggal bersama.
Botchan memutuskan untuk belajar. Ketika kebetulan melalui sebuah sekolah fizik, dia ternampak iklan pengambilan pelajar, lalu terus mendaftar tanpa banyak berfikir. Selama tiga tahun dia belajar dengan susah payah, sering berada di kedudukan tercorot, tetapi akhirnya lulus juga. Lapan hari selepas tamat pengajian, pengetua sekolah itu memanggilnya dan memberitahu bahawa sebuah sekolah menengah di Shikoku memerlukan guru matematik dengan gaji empat puluh yen sebulan. Botchan tidak pernah mengajar dan tidak tahu apa-apa tentang tempat itu, tetapi dia menerima tawaran itu serta-merta. Ketika dia berangkat, Kiyo menghantarnya ke stesen kereta api dengan mata berair dan berpesan agar dia cepat pulang.
Bahagian 3
Botchan tiba di sebuah bandar pelabuhan kecil di Shikoku dengan kapal. Sejak awal dia memandang rendah tempat itu sebagai kawasan desa yang sempit dan kuno. Di rumah penginapan, dia diberi bilik yang buruk kerana pakaiannya kelihatan biasa, maka untuk menunjukkan maruahnya dia menghulurkan tip lima yen, satu jumlah yang besar, lalu terus diberi bilik yang terbaik.
Di sekolah, pengetua menyambutnya dengan ucapan panjang tentang tugas guru sebagai teladan moral. Botchan memberi gelaran kepada pengetua itu Haiwan dalam cerita rakyat Jepun, lambang kelicikan, iaitu sejenis haiwan yang dalam cerita rakyat Jepun terkenal licik. Dia juga memberi gelaran kepada rakan-rakan sekerjanya. Ketua guru, seorang lulusan universiti yang lembut tutur katanya dan sentiasa memakai baju berwarna merah, digelar Baju Merah, gelaran ketua guru, bermaksud Baju Merah. Guru lukisan, Yoshikawa, yang suka mengampu Akashatsu, digelar Badut pengampu, gelaran guru lukisan, iaitu badut pengampu, atau ringkasnya Noda. Guru bahasa Inggeris, Koga, yang pucat dan pendiam, digelar Labu pucat, gelaran Koga, nama sejenis labu yang pucat. Seorang lagi guru matematik, Hotta, seorang lelaki tegap dan berani, digelar Landak, gelaran Hotta, iaitu landak.
Pada hari pertama, Yamaarashi mencarikan bilik sewa untuk Botchan di rumah seorang peniaga barang antik yang digelar Ikagin. Tuan rumah itu selalu cuba menjual barang antik kepadanya dengan harga yang tidak masuk akal.
Bahagian 4
Kelas pertama Botchan berjalan agak lancar, tetapi tidak lama kemudian para pelajar mula mengusiknya. Mereka memerhatikan setiap gerak-gerinya di luar sekolah. Apabila dia makan empat mangkuk mi soba dengan Makanan bergoreng tepung ala Jepun di sebuah kedai, keesokan harinya papan hitam dipenuhi tulisan yang mengejeknya sebagai guru tempura. Apabila dia makan kuih Kuih bebola tepung beras Jepun di sebuah kedai lain, perkara itu juga ditulis di papan hitam. Botchan sangat marah kerana berasa diintip, sedangkan para pelajar menganggapnya hiburan.
Kemudian tibalah gilirannya bertugas jaga malam di asrama sekolah. Apabila dia berbaring di tempat tidur, puluhan belalang melompat keluar dari bawah selimutnya. Para pelajar asrama telah menyorokkan serangga itu di situ. Apabila dia memanggil wakil pelajar untuk disoal, mereka berdalih bahawa itu bukan belalang tetapi sejenis serangga lain, dan menafikan bahawa sesiapa memasukkannya. Pada malam yang sama, ketika Botchan cuba tidur semula, para pelajar menghentak-hentak lantai tingkat atas beramai-ramai sehingga bangunan bergegar. Dia berlari naik untuk menangkap mereka, tetapi semuanya berpura-pura tidur. Dia berjaga hingga pagi dan bersumpah tidak akan mengalah.
Bahagian 5
Tidak lama kemudian, Akashatsu mengajak Botchan memancing di laut bersama Nodaiko. Di atas perahu, kedua-dua lelaki itu berbisik tentang perkara-perkara yang tidak difahami Botchan sepenuhnya, termasuk sebutan tentang belalang dan tentang seorang wanita cantik yang mereka gelar Gelaran untuk gadis cantik Toyama. Akashatsu kemudian memberi isyarat kepada Botchan agar berhati-hati terhadap seseorang yang didakwanya menghasut pelajar, dan Botchan menyangka orang itu ialah Yamaarashi. Akibatnya Botchan mula curiga terhadap Yamaarashi. Dia teringat bahawa pada hari pertama Yamaarashi pernah membelanjanya segelas air ais berharga satu Satu perseratus yen lima Satu persepuluh sen. Kerana tidak mahu berhutang budi kepada orang yang disangkanya musuh, Botchan meletakkan wang syiling itu di atas meja Yamaarashi. Kedua-duanya keras kepala, dan wang itu dibiarkan di situ berhari-hari.
Kemudian mesyuarat guru diadakan untuk memutuskan hukuman terhadap pelajar asrama. Botchan terkejut melihat Tanuki dan Akashatsu cenderung memaafkan pelajar dengan alasan pendidikan dan nama baik sekolah, seolah-olah guru pula yang patut dipersalahkan. Hanya Yamaarashi yang berdiri tegas, menyatakan bahawa pelajar mesti dihukum dan meminta maaf kepada Botchan. Kerana sokongan itu, pelajar asrama akhirnya dikenakan larangan keluar selama seminggu dan dipaksa meminta maaf.
Bahagian 6
Tidak lama kemudian, Yamaarashi datang memberitahu Botchan supaya keluar dari rumah sewa Ikagin kerana tuan rumah itu mengadu bahawa dia biadab. Botchan berasa terhina, tetapi dia keluar juga. Dengan bantuan Uranari, dia mendapat bilik di rumah sepasang suami isteri tua bernama Hagino. Wanita tua di rumah itu baik hati dan gemar bercerita, dan daripadanya Botchan mengetahui banyak rahsia bandar itu.
Menurut wanita tua itu, Madonna ialah anak gadis keluarga Toyama yang terkenal cantik. Dia sebenarnya telah dijanjikan untuk berkahwin dengan Uranari. Namun setelah bapa Uranari meninggal dunia dan keluarganya jatuh miskin, Akashatsu mula mendekati keluarga Toyama, sehingga janji perkahwinan dengan Uranari tergantung. Yamaarashi pernah menegur Akashatsu tentang perbuatan itu, dan sejak itu hubungan mereka berdua menjadi dingin. Pada masa yang sama, Botchan menerima sepucuk surat panjang daripada Kiyo. Surat itu ditulis dengan susah payah dan penuh nasihat seorang ibu, supaya dia menjaga kesihatan, berhati-hati dengan orang desa dan tidak membazir wang. Kiyo juga menegurnya agar jangan sewenang-wenang memberi gelaran kepada orang lain kerana perbuatan itu boleh mengundang dendam, dan jika dia memberi gelaran juga, dia hanya boleh memberitahu Kiyo seorang. Teguran itu mengena kerana Botchan memang telah menggelar hampir semua rakan sekerjanya. Membaca surat itu, Botchan terkenang akan kejujuran Kiyo dan merasakan betapa jauh bezanya dengan kepura-puraan orang-orang di sekelilingnya. Kepingan-kepingan maklumat yang dikumpulnya membuat Botchan mula sedar bahawa Yamaarashi mungkin orang jujur dan Akashatsu pula seorang yang bermuka-muka.
Bahagian 7
Kemudian tersebar berita bahawa Uranari akan dipindahkan ke sebuah sekolah di Nobeoka, di wilayah Hyuga di Kyushu, sebuah tempat yang lebih jauh dan terpencil. Secara rasmi dikatakan bahawa Uranari sendiri yang mahukan pertukaran itu. Namun daripada wanita tua Hagino, Botchan mengetahui bahawa ibu Uranari sebenarnya hanya memohon kepada pengetua agar gaji anaknya dinaikkan supaya mereka dapat terus tinggal di bandar itu. Pengetua kemudian memberitahu Uranari bahawa sekolah tidak mampu menaikkan gajinya, tetapi ada jawatan kosong di Nobeoka dengan gaji lima yen lebih setiap bulan, lalu urusan pertukaran itu terus dibuat seolah-olah itulah kehendaknya. Botchan dan wanita tua itu percaya bahawa semua ini diatur oleh Akashatsu untuk menjauhkan Uranari daripada Madonna. Botchan berasa amat kasihan kepada Uranari, seorang lelaki lemah lembut yang terpaksa meninggalkan kampung halaman dan ibunya demi kepentingan orang lain.
Akashatsu kemudian memanggil Botchan ke rumahnya dan menawarkan kenaikan gaji, iaitu sebahagian daripada wang yang dijimatkan hasil pertukaran Uranari. Pada mulanya Botchan menerima, tetapi setelah memahami keadaan sebenar, dia kembali ke rumah Akashatsu dan menolak kenaikan itu dengan tegas. Dia tidak mahu mendapat untung atas penderitaan orang lain. Selepas itu dia berbaik semula dengan Yamaarashi dan mengambil semula satu sen lima rin dari meja. Yamaarashi pula mengaku bahawa Ikagin sebenarnya seorang yang tidak jujur dan suka menjual barang palsu, jadi aduan terhadap Botchan dahulu tidak patut dipercayai. Kedua-duanya kini sepakat bahawa Akashatsu dan Nodaiko ialah dalang di sebalik banyak perkara buruk di sekolah itu.
Satu majlis perpisahan diadakan untuk Uranari. Yamaarashi berucap memuji Uranari dan menyindir orang-orang yang licik. Majlis itu kemudian menjadi riuh dan tidak teratur, dan Botchan pulang dengan rasa jijik terhadap kepura-puraan sebahagian guru.
Bahagian 8
Tidak lama kemudian, bandar itu mengadakan perayaan meraikan kemenangan perang. Pelajar sekolah menengah dan pelajar Sekolah melatih bakal guru, dua kumpulan yang sentiasa bermusuhan, berbaris dalam perarakan pada waktu pagi dan hampir bertolak-tolakan di sebuah simpang jalan, tetapi keadaan dapat dikawal dan pihak sekolah menengah terpaksa memberi laluan. Botchan, yang ditugaskan mengiringi pelajar, berasa geram melihat permusuhan itu.
Pada sebelah petang, ketika Botchan dan Yamaarashi menonton persembahan perayaan, adik lelaki Akashatsu, yang juga pelajar sekolah itu, datang berlari memberitahu bahawa pelajar sekolah menengah sedang membalas dendam terhadap pelajar maktab perguruan. Dia mendesak kedua-dua guru itu supaya segera datang. Mereka bergegas ke tempat kejadian dan cuba meleraikan pergaduhan besar yang sedang berlaku, tetapi mereka sendiri dipukul dan terseret dalam kekacauan. Apabila polis tiba, para pelajar bertempiaran lari, dan hanya Botchan dan Yamaarashi yang tinggal di situ.
Keesokan harinya, akhbar tempatan menyiarkan berita bahawa dua orang guru sekolah menengah telah menghasut pelajar untuk bergaduh, malah menyebut nama Yamaarashi. Botchan dan Yamaarashi menuntut pembetulan, tetapi akhbar hanya menyiarkan pembetulan yang kecil dan tidak bermakna. Mereka mengesyaki Akashatsu berada di sebalik laporan yang memburukkan mereka itu. Kemudian Tanuki meminta Yamaarashi meletakkan jawatan. Botchan, yang turut terlibat dalam kejadian yang sama, menuntut agar dia juga dikenakan tindakan, tetapi pengetua enggan, kerana hanya Yamaarashi yang hendak disingkirkan. Yamaarashi menyerahkan surat peletakan jawatan, tetapi sebelum meninggalkan bandar itu dia bertekad untuk membalas perbuatan Akashatsu.
Bahagian 9
Yamaarashi telah mendapat tahu bahawa Akashatsu, yang di hadapan orang ramai berlagak sebagai pendidik bermoral, secara diam-diam pergi ke sebuah rumah penginapan bernama Kadoya di kawasan mata air panas untuk berjumpa seorang wanita penghibur. Yamaarashi menyewa bilik di tingkat atas rumah penginapan Masuya yang bertentangan, dan Botchan datang setiap malam membantunya mengintai pintu Kadoya.
Akhirnya, pada suatu malam mereka melihat Akashatsu dan Nodaiko masuk ke Kadoya. Kedua-duanya menunggu hingga subuh, lalu mengekori kedua-dua lelaki itu apabila mereka keluar secara senyap-senyap dan menahan mereka di jalan. Yamaarashi mendedahkan kemunafikan Akashatsu, dan apabila Akashatsu berdalih, Yamaarashi memukulnya, manakala Botchan membaling telur mentah yang dibawanya ke muka Nodaiko. Mereka berkata bahawa mereka tidak takut sekiranya hal itu dibawa kepada polis dan akan menunggu di rumah penginapan, tetapi tiada sesiapa yang datang. Botchan menghantar surat peletakan jawatan kepada pengetua melalui pos, dan pada malam itu juga kedua-dua sahabat itu menaiki kapal meninggalkan bandar itu dengan perasaan lega. Dari Kobe, Botchan terus menaiki kereta api ke Tokyo.
Sebaik sahaja tiba di Tokyo, Botchan terus pergi ke rumah Kiyo tanpa singgah di mana-mana. Kiyo menangis kegembiraan melihatnya. Botchan kemudian bekerja sebagai juruteknik di syarikat trem bandar dengan gaji dua puluh lima yen sebulan dan menyewa sebuah rumah kecil dengan sewa enam yen. Kiyo tinggal bersamanya dan berasa sangat puas walaupun rumah itu tidak semewah yang dahulu diimpikannya. Malangnya, pada bulan Februari tahun itu Kiyo meninggal dunia kerana radang paru-paru. Sehari sebelum meninggal, dia meminta agar dikebumikan di kuil keluarga Botchan supaya dapat menunggunya di sana. Botchan menunaikan permintaan itu, dan kubur Kiyo kini terletak di kuil Yogenji di Kohinata, Tokyo.
