Bahagian 1
Nils Holgersson ialah anak tunggal Holger Nilsson, seorang petani kecil di Vemminghög Barat, di selatan wilayah Skåne, Sweden. Umurnya kira-kira empat belas tahun. Dia budak yang malas, suka makan dan tidur, tidak mahu belajar di sekolah dan, lebih buruk lagi, kejam terhadap haiwan serta berniat jahat terhadap manusia. Ibu bapanya, yang hidup sederhana tetapi rajin, sangat bimbang akan perangainya. Pada suatu pagi Ahad, dua puluh Mac, ketika ibu bapanya hendak ke gereja, Nils enggan ikut. Bapanya menyuruh dia membaca bacaan hari itu di rumah dan berjanji akan menyoalnya apabila mereka pulang.
Nils duduk di kerusi besar bapanya, membaca dengan sambil lewa, lalu tertidur. Apabila terjaga, dia nampak melalui cermin kecil di tingkap bahawa tutup peti kayu kepunyaan ibunya terbuka, dan di tepinya duduk seorang Makhluk kecil penjaga rumah dan ladang dalam cerita rakyat Sweden, makhluk kecil penjaga rumah dalam cerita rakyat Sweden, setinggi sejengkal tangan sahaja. Nils menangkapnya dengan jaring rama-rama. Tomte itu merayu supaya dilepaskan dan menjanjikan sekeping wang lama, sebatang sudu perak dan sekeping duit emas. Nils bersetuju, tetapi ketika tomte itu hampir keluar, dia menggoncang jaring semula kerana menyesal tidak meminta lebih. Serta-merta dia ditampar dengan kuat sehingga pengsan.
Apabila sedar, Nils mendapati segala-galanya di dalam rumah kelihatan besar luar biasa. Dalam cermin dia melihat dirinya sendiri sudah menjadi sekecil tomte itu. Dia keluar ke halaman dan, dengan hairan, mendapati dia kini memahami bahasa haiwan. Ayam, kucing dan lembu yang selama ini dianiayainya mengejek dan memarahinya, dan tiada seekor pun mahu memberitahu di mana tomte itu boleh ditemui.
Bahagian 2
Pada hari itu sekawan angsa liar terbang di atas ladang menuju ke utara sambil memanggil angsa-angsa jinak supaya ikut serta. Morten, angsa jantan putih yang besar milik keluarga Nils, tidak dapat menahan diri lalu mula terbang. Nils memeluk lehernya untuk menahannya, tetapi angsa itu terus terbang dan membawanya sekali ke udara. Begitulah Nils tanpa diduga memulakan perjalanan bersama kawanan angsa liar yang diketuai oleh Akka dari Kebnekaise, seekor angsa betina tua yang bijaksana dan dihormati.
Angsa liar pada mulanya memandang rendah kepada Morten, yang gemuk dan tidak biasa terbang jauh, dan mereka curiga terhadap Nils kerana manusia ialah musuh mereka. Pada malam pertama, ketika kawanan itu tidur di atas ais sebuah tasik, Smirre, seekor rubah, menyelinap dan menerkam seekor angsa. Nils, tanpa memikirkan keselamatannya, mengejar dan memegang ekor Smirre lalu menarik sekuat hati sehingga angsa itu terlepas. Dia kemudian memanjat sebatang pokok muda untuk menyelamatkan diri, dan angsa-angsa liar datang menyelamatkannya. Kerana keberanian itu Akka menerima Nils dan Morten ke dalam kawanannya. Sejak itu Smirre berdendam dan mengekori mereka dari satu wilayah ke satu wilayah.
Nils mula berubah sedikit demi sedikit. Dia belajar mencari makanan sendiri, tidur di tempat terbuka, dan melihat dunia dari sudut pandangan makhluk yang selama ini dianiayanya. Angsa-angsa memanggilnya Thumbietot, iaitu si kecil sebesar ibu jari. Dia juga mendengar daripada perbualan dua ekor burung hantu bahawa tomte itu pernah berkata dia akan kembali menjadi manusia jika dia menjaga Morten sehingga angsa itu pulang ke rumah dengan selamat.
Bahagian 3
Di Skåne, sebuah istana batu lama bernama Glimminge didiami oleh tikus hitam. Kawanan tikus kelabu yang jauh lebih ramai bersiap untuk menyerang dan mengambil gudang gandum istana itu ketika tikus hitam berada di luar. Akka meminta pertolongan Nils. Dengan sebatang seruling kecil dari tanduk yang dipercayai mempunyai kuasa ke atas tikus, Nils meniup lagu di halaman istana. Tikus kelabu tidak dapat melawan bunyi itu dan mengikutnya keluar, berjalan sepanjang malam sehingga jauh dari Glimminge. Istana itu terselamat.
Selepas itu Nils menyaksikan tarian besar burung Burung berkaki dan berleher panjang di Kullaberg, sebuah perhimpunan haiwan pada musim bunga yang menurut cerita tidak boleh diganggu. Ketika itu juga Smirre cuba menyerang, tetapi haiwan-haiwan lain menghukumnya kerana melanggar keamanan hari itu. Kawanan angsa kemudian meneruskan perjalanan ke Blekinge. Di bandar pelabuhan Karlskrona, pada suatu malam bulan terang, Nils mengejek patung gangsa seorang raja di dataran bandar. Dia berasa patung itu bangun dan mengejarnya di jalan-jalan sepi. Dia diselamatkan oleh patung kayu seorang pelaut tua bernama Rosenbom, yang menyorokkannya di bawah topinya. Nils menceritakan peristiwa itu seolah-olah benar berlaku, tetapi bahagian ini dikisahkan dalam suasana separuh mimpi.
Bahagian 4
Di pulau Öland, Morten berkali-kali menghilang dalam kabus. Nils akhirnya mendapati bahawa angsa itu diam-diam membawa makanan kepada seekor angsa kelabu muda bernama Dunfin, yang sayapnya cedera dan tidak dapat terbang. Nils merawatnya, dan tidak lama kemudian Dunfin pulih lalu menyertai kawanan. Morten dan Dunfin menjadi pasangan.
Berhampiran Gotland, Nils melihat sebuah kota lama yang megah timbul dari laut di tepi pantai pada waktu malam. Para pedagangnya merayu agar dia membeli sesuatu walaupun dengan syiling yang paling kecil, tetapi Nils tidak mempunyai wang. Sejam kemudian kota itu tenggelam semula. Ermenrich, seekor burung bangau, menceritakan kepadanya legenda kota Vineta yang dikatakan tenggelam kerana penduduknya angkuh dan bermegah-megah, dan hanya timbul seketika setiap seratus tahun. Kemudian, di Visby, Nils berasa sedih kerana kota yang masih hidup itu sendiri kelihatan seperti peninggalan kemegahan lama.
Kembali di tanah besar, di Småland, sekawan burung gagak menculik Nils. Mereka mahu dia membuka sebuah tempayan tanah yang penuh dengan syiling perak. Apabila keadaan menjadi berbahaya, Nils menaburkan syiling-syiling itu dan gagak-gagak berebut mengutipnya. Seekor gagak bernama Fumle-Drumle, yang sebenarnya berhutang budi kepadanya, membawanya ke tempat selamat. Di sebuah pondok kecil, Nils menemani seorang wanita tua petani yang meninggal dunia seorang diri. Dia menyalakan lilin di sisinya dan merenung betapa ibu bapanya sendiri akan bersendirian pada hari tua jika dia tidak pulang.
Bahagian 5
Perjalanan ke utara diteruskan melalui Östergötland. Di tasik Tåkern, yang hendak dikeringkan oleh manusia, Nils mengenali Jarro, seekor itik liar yang tercedera dan dipelihara seketika di rumah seorang petani, dan kemudian mendengar kisah persahabatan antara seekor anjing bernama Karr dan seekor Rusa besar di hutan utara Eropah (juga dikenali sebagai moose) bernama Grayskin di hutan Kolmården. Kisah-kisah ini memperlihatkan hubungan antara manusia dan haiwan dari pelbagai sudut, baik yang penuh belas kasihan mahupun yang kejam.
Di sepanjang jalan, Nils juga sering mendengar tentang dua orang kanak-kanak, Osa si gadis gembala angsa dan adiknya, Mats kecil. Kedua-duanya pernah menjaga angsa bersama Nils di Skåne. Mereka kini berjalan kaki ke utara dan kadang-kadang berselisih jalan dengan kawanan angsa. Sekali, ketika ais di sebuah tasik pecah pada musim bunga, kedua-dua kanak-kanak itu hampir hanyut, tetapi satu suara misteri memandu mereka ke tebing dengan selamat.
Di Stockholm, malang menimpa Nils. Seorang nelayan bernama Ashbjörn menembak ke arah kawanan angsa, dan Nils jatuh ke dalam air. Nelayan itu mengikatnya dan membawanya ke taman Skansen untuk dijual. Seorang lelaki tua, pemain biola bernama Clement Larsson, berasa kasihan dan membelinya. Clement membenarkan Nils bebas di dalam taman itu dengan syarat dia berjanji tidak meninggalkan Skansen sehingga dibenarkan. Nils, yang kini memegang janji dengan bersungguh-sungguh, menepati syarat itu.
Bahagian 6
Di Skansen, Nils menemui Gorgo, seekor helang muda yang ditangkap pemburu dan dikurung dalam sangkar besar. Nils mengetahui kisah Gorgo daripada angsa-angsa: ketika masih anak burung di Lapland, Gorgo ditinggalkan seorang diri di sarangnya apabila ibu bapanya tidak pulang, lalu dibesarkan oleh Akka sendiri, yang memberinya makan walaupun helang ialah musuh angsa. Setelah dewasa Gorgo pernah berselisih dengan ibu angkatnya itu, tetapi dia tetap menghormatinya. Dalam kurungan, helang itu semakin lesu dan berputus asa. Setiap malam, Nils mengikis dan mengikir dawai keluli di bumbung sangkar dengan sabar sehingga terbuka lubang yang cukup besar, dan Gorgo pun terlepas.
Beberapa hari kemudian Gorgo kembali. Nils enggan pergi kerana terikat dengan janjinya kepada Clement, tetapi Gorgo menyambarnya dengan kukunya dan membawanya terbang ke utara, melintasi Gästrikland, Hälsingland dan Medelpad. Di sepanjang laluan itu Nils melihat hutan yang luas, kilang papan, lombong dan sungai-sungai besar, dan dia mendengar kisah tentang kebakaran hutan dan kehidupan haiwan di hutan utara.
Akhirnya Nils tiba di lembah gunung Akka di Lapland, tempat angsa-angsa liar bersarang setiap musim panas. Di situ Morten dan Dunfin membesarkan enam ekor anak angsa. Nils menghabiskan musim panas di bawah matahari tengah malam, di tengah bukit-bukau dan tasik di utara jauh, dalam suasana yang tenang selepas segala bahaya di selatan.
Bahagian 7
Di Lapland juga, Nils mengetahui keseluruhan kisah Osa dan Mats. Keluarga mereka di Småland pernah menumpangkan seorang wanita gelandangan yang sakit. Wanita itu meninggal dunia, dan tidak lama kemudian adik-beradik Osa dan Mats meninggal dunia seorang demi seorang akibat penyakit yang sama. Bapa mereka, Jon Esserson, percaya bahawa keluarganya disumpah lalu meninggalkan rumah dalam keadaan putus asa. Ibu mereka membawa Osa dan Mats bekerja di Skåne, tetapi dia juga jatuh sakit dan meninggal dunia, lalu kedua-dua beradik itu menyara diri dengan menjaga angsa. Kemudian Osa dan Mats mendengar ceramah tentang penyakit Penyakit paru-paru berjangkit (tuberkulosis) dan sedar bahawa kematian itu berpunca daripada jangkitan, bukan sumpahan. Mereka berjalan kaki jauh ke Lapland untuk mencari bapa mereka dan memberitahunya perkara sebenar. Di setiap rumah yang mereka singgahi, mereka mengajar orang tentang kebersihan untuk melawan penyakit itu.
Di Malmberget, sebuah kawasan lombong, Mats cedera parah akibat batu yang tercampak semasa letupan di lombong. Nils menemuinya dan memanggil pekerja lombong, tetapi budak itu tidak dapat diselamatkan. Osa ditinggalkan seorang diri dalam kesedihan. Pada suatu malam Nils mengetuk pintu pondoknya dan memberitahunya di mana bapanya berada. Osa terlalu takut kepada makhluk kecil itu untuk mengucapkan terima kasih, tetapi esoknya dia mengikut petunjuk itu. Dengan bantuan seorang lelaki Penduduk asal di utara Scandinavia bernama Ola, Osa akhirnya bertemu dengan bapanya. Jon Esserson mendengar kebenaran tentang kematian keluarganya, dan beban yang lama menekan hatinya pun terangkat.
Bahagian 8
Pada awal musim luruh, kawanan angsa memulakan perjalanan pulang ke selatan bersama anak-anak angsa yang kini sudah pandai terbang. Bataki, seekor burung Burung gagak besar (raven) yang bijak tetapi suka menyusahkan hati, memberitahu Nils syarat sebenar tomte itu: dia akan kembali menjadi manusia jika dia membawa Morten pulang supaya ibunya boleh menyembelih angsa itu. Nils sangat terkejut. Akka mengakui bahawa memang begitulah syaratnya. Nils bertekad bahawa dia tidak akan mengkhianati sahabatnya demi dirinya sendiri, dan dia mula memujuk Morten supaya ikut angsa-angsa liar ke luar negara dan tidak pulang ke ladang.
Di Värmland, Nils sempat berbual dengan seorang manusia yang memberinya harapan bahawa jika dia terus berbuat baik kepada semua yang ditemuinya, akhirnya tidak akan buruk baginya. Kemudian, di Kepulauan Väder di luar pantai Bohuslän, Akka menunjukkan kepadanya harta emas yang terkubur di dalam pasir di sebuah pulau kecil. Angsa-angsa mahu dia mengambilnya sebagai upah, supaya dia boleh pulang kepada ibu bapanya dengan bekalan. Gorgo pula melaporkan bahawa dia telah pergi ke ladang keluarga Nils dan cuba memaksa tomte itu meringankan syaratnya, tetapi tomte itu berkata dia tidak berkuasa untuk berbuat demikian. Tomte itu juga menyampaikan berita bahawa keluarga Nils dalam kesusahan: bapanya kehilangan wang kerana menjamin hutang orang lain, dan seekor kuda yang dibeli dengan wang pinjaman tiba-tiba menjadi tempang. Walaupun hatinya terluka, Nils tetap tidak mahu mengorbankan Morten.
Bahagian 9
Pada awal November, kawanan angsa melintasi Halland dan kembali ke Skåne. Akka sengaja menerbangkan mereka di atas hutan, dataran dan pantainya supaya anak-anak angsa tahu rupa negeri-negeri di selatan, dan Nils mula merindui kampung halamannya. Akka menghantar Nils pulang seketika ke ladangnya. Di kandang, Nils mendapati hanya seekor lembu tinggal; dua yang lain telah dijual. Dia mengetahui bahawa ibu bapanya menyangka dia telah lari dari rumah dan mencuri Morten, namun mereka tetap mencintainya dan bersedia menerimanya kembali walau apa pun keadaannya. Nils menemui sebilah serpihan besi tajam di dalam kuku kuda yang tempang itu, lalu mengukir pesanan pada kuku kuda itu agar bapanya mencabut besi itu. Ketika itu juga Osa dan Jon Esserson, yang telah menjadi kaya hasil lombong yang ditemuinya di Lapland, datang menawarkan bantuan kepada keluarga itu sebagai balasan atas pertolongan anak mereka.
Pada masa yang sama Morten tidak dapat menahan keinginan untuk menunjukkan rumah lamanya kepada Dunfin dan anak-anaknya. Mereka masuk ke dalam kandang angsa, dan ibu Nils mengunci pintunya. Kerana hari Morten, iaitu hari menyembelih angsa pada bulan November, sudah dekat, dia bercadang menyembelih angsa-angsa itu. Nils tidak lagi memikirkan syarat tomte itu. Dia hanya takut menambah kesedihan ibu bapanya jika mereka melihatnya dalam keadaan sekecil itu. Namun apabila Morten memanggilnya meminta tolong, Nils mengenang segala bahaya yang mereka tempuh bersama, lalu mengetuk pintu dan berseru agar ibunya tidak menyentuh angsa itu. Pada saat dia melangkah di ambang pintu, ibunya menjerit gembira kerana anaknya sudah tinggi dan tampan. Nils sedar dia telah kembali menjadi manusia. Morten dan Dunfin selamat.
Keesokan paginya Nils pergi ke pantai di Smyge untuk mengucapkan selamat tinggal kepada kawanan angsa yang akan menyeberangi Laut Baltik. Kini dia tidak lagi memahami bahasa burung, dan angsa-angsa tidak mengenalinya. Akka berpatah balik, terbang dekat kepadanya dan akhirnya mengenalinya. Nils memeluknya dan mengucapkan terima kasih atas perjalanan yang menakjubkan itu. Tiba-tiba angsa-angsa itu menjadi sepi dan berundur, kerana dia kini manusia dan mereka tidak lagi memahami satu sama lain. Nils membelai Akka serta enam ekor angsa tua yang menemaninya sejak awal. Nils memerhati kawanan itu terbang jauh ke laut dan hampir berharap dia masih Thumbietot yang kecil, tetapi dia pulang sebagai budak yang sudah belajar erti kebaikan, kesetiaan dan kasih sayang terhadap makhluk lain.
